El poblamiento del Cerro de la Almagra se remonta a la Prehistoria. Su inicio, posiblemente motivado por su gran potencial geoestratégico podría asociarse a la cultura argárica, aunque todavía no se han encontrado restos de cerámica que prueben esa vinculación. De una etapa posterior se han hallado restos de tradición ibérica situados en el siglo I a.C.
La tercera etapa de la Almagra, asociada al mundo romano, es el momento mas conocido de la vida del Cerro, aunque la mayor parte de los materiales recuperados corresponden a su final y al período posterior, entre los siglos IV y VI d.C.
Con la caída del Imperio Romano y la instauración del gobierno visigodo La Almagra, junto a ciudades como Begastri o Carthago Nova, pasó a formar parte de este nuevo reino. La Almagra con la llegada de los visigodos pasó a funcionar como punto defensivo en la frontera con los bizantinos, que ya habían pasado a dominar buena parte del sudeste peninsular. Esta época se caracterizó por una conflictividad continua, que posiblemente motivara el refuerzo que presenta la muralla del yacimiento.
En el 711 con la conquista musulmana de la Península Ibérica se inició el proceso de decadencia de la Almagra, aunque esta junto a otros 6 núcleos urbanos conservó ciertos privilegios gracias al Pacto de Tudmir, que establecía su mantenimiento a cambio del pago de un tributo anual en especie y en metálico.
Gracias a este Pacto se inició para la Almagra una nueva etapa en la que el núcleo urbano se fortificó convirtiéndose en una de las fortificaciones islámicas mas antiguas de Murcia, datada por algunos autores en el siglo VIII d.C.
Lentamente la población fue abandonando la ciudad descuidando el mantenimiento de los edificios y la muralla fue destruida. Con el abandono de La Almagra se fue formando un nuevo núcleo urbano bajo el actual casco urbano de Mula, produciéndose el abandono definitivo del cerro en el siglo IX d.C, pasando sus ruinas a actuar como materiales de construcción de los nuevos edificios de Mula, la Puebla y Los Baños.
Aunque a pesar de su abandono progresivo, el Cerro mantuvo su importancia estratégica hasta el siglo XIII d.C con la incorporación del Reino de Murcia a la Corona de Castilla.