Pese a que en mismo lugar habían existido unos baños modernos que funcionaron hasta el primer tercio del siglo XIX, el paraje era conocido como “Los Baños Moros” ya desde finales del XIX. El descubrimiento del Balneario Romano de Fortuna en 1990 fue precedido por el de la Cueva Negra y la lectura de sus inscripciones epigráficas en los años ochenta, gracias los trabajos liderados por Antonino González Blanco, que posteriormente también excavaría el balneario. El origen de estas inscripciones se encuentra en la presencia del culto a las aguas salutíferas del balneario, cuya investigación está siendo conducida en los últimos años por Gonzalo Matilla en un área identificada como una hospedería asociada a los baños.
Desde 1999, el CEPOAT (Centro de Estudios del Próx. Oriente y la Ant. Tardía) se hace cargo de las excavaciones bajo la dirección del Dr. Gonzalo Matilla Séiquer trasladando la zona de excavación más al sur y encontrando lo que parece una monumentalización del nacimiento de agua (ninfeo) en época romana.