Nacida en San Sebastián en el año 1932, cursa sus estudios en la Licenciatura en Filosofía y Letras, sección Historia, en la Universidad de Barcelona. Fue becaria del CSIC en la Escuela Española de Historia y Arqueología en Roma para realizar excavaciones arqueológicas en Italia, en virtud de un intercambio entre el Istituto Internazionale di Studi Liguri y la Direzione Generali delle Belle Arti y la citada Escuela Española de Roma, colaborando en las excavaciones del Santuario de Gabii y dirigió las excavaciones en la Grotta dell´Olivo de Toirano. Continuo sus formación arqueológica con diferentes excavaciones: Fondos de cabaña en Villaverde Bajo (Madrid); Caverna dei Pipistrelli (Finale Ligure, Italia); Cueva de Letzetxiki; Prospecciones y excavaciones en la región del Cardoner (Barcelona); Grotta dell´Olivo (Toirano, Savona, Italia);Grotte de Le Cloux (Herault, Francia); Excavaciones en Sabassona (Barcelona); Cueva de Rocafessa (San Martín de Llemana, Gerona); Cueva del Emitons (Gerona); Cueva de los Murciélagos, en el Poblado ibérico de Ullastret, Poblado ibérico de la Torre dels Encantats, Poblado de la Pedrera, en Albintimilium Barcelona romana, Carteia …etc
Se doctora en Historia en el año 1964 con una tesis sobre «La cultura de los sepulcros en fosa neolíticos en Cataluña» que marcaría sus trabajos posteriores.
Sus estudios y formación se llevan a cabo en la Universidad Central de Barcelona como profesora ayudante (1954-1966), contratada (1966-68) y agregada (1968-1975). La Dra. Muñoz Amilibia se integra en la Universidad de Murcia como Catedrática de Arqueología, Epigrafía y Numismática (1975), impartiendo las asignaturas de Prehistoria, Prehistoria II, Técnicas y Métodos de Excavación, Protohistoria de la Península Ibérica, Arqueología del Próximo Oriente y Grecia, Arqueología Romana, Epigrafía y Numismática. A lo largo de su estancia en Murcia fue directora del Departamento de Prehistoria y Arqueología, así como Vicedecana de la Facultad de Letras.
Su labor en la Universidad de Murcia se ha traducido en una gran trabajo investigador. Recién llegada emprendió una gran actividad arqueológica que enlaza el mundo neolítico con el de los árabes, sin olvidar la presencia ibérica y romana. Impulsó la arqueología en la Región de Murcia; sus trabajos en Coimbra del Barranco Ancho, Cabezo del Plomo, Muralla Islámica de Murcia o Poblado Argárico de Cobatillas la Vieja, junto con las de Baena (Córdoba), ha servido para la creación de la Escuela Arqueológica Murciana. Esta formación ha tenido uno de sus máximos exponentes en la lectura de varias tesis doctorales de sus alumnos en la Universidad de Murcia (Pérez Almoguer, A. El conventus Astigitanus. Universidad de Barcelona, 1978; Lillo Carpio. P. «El poblamiento ibérico en Murcia. Problemas arqueológicos». Universidad de Murcia, 1979; Perez Ballester, J. La cerámica de barniz negro del Santuario de Gabii (Italia)». Universidad de Murcia. 1983; Ramallo Asensio, S.»El mosaico romano en Murcia». Universidad de Murcia. 1984;Ros Sala, Mª Milagrosa. «La transición de la Edad del Bronce a la Edad del Hierro en el valle del Guadalentin». Universidad de Murcia. 1987; Ayala Juan, María Manuela. «La cultura del Argar en la comarca de Lorca, Murcia» Universidad de Murcia, 1989; García Cano, J.M. «Las necrópolis ibéricas en Murcia». Universidad de Murcia, octubre 1993):
Su trabajo investigador se ha traducido igualmente en la publicación de una gran cantidad de trabajos que comprenden un amplio abanico de líneas de investigación : Coroplastia y esculturas ibéricas, Arqueología Ibérica, Urbanismo, Cultura material y metalurgia, Economía y Cultura del Neolítico Español, Calcolítico en el Sureste Español. La diversidad de líneas de investigación tiene su máximo exponente en la dirección de casi una treintena de tesis de liceciatura que abarcan desde el paleolítico hasta la Murcia islámica. Su labor por la arqueología murciana le llevó a formar parte del Consejo Asesor de Arqueología de la Comunidad Autonoma de Murcia y del Consejo Asesor de Patrimonio de la Comunidad Autónoma de Murcia.
Desde Julio de 1990 hasta la actualidad es Catedrática de Prehistoria de la Universidad Nacional de Educación a Distancia, en Madrid, impartiendo el curso de Prehistoria de 1º y un curso de Doctorado.
Ana María Muñoz Amilibia es también, entre otros honores, Miembro permanente de la Junta Nacional de Excavaciones arqueológicas, del Istituto di Studi Liguri y del Instituto Arqueológico Alemán.
