Observando los tipos de hifas, morfología de los elementos de fructificación sexual o asexual.
Las características microscópicas de los hongos filamentosos o mohos, se estudian observando los tipos de hifas, morfología de los elementos de fructificación sexual o asexual, preferentemente los asociados con la reproducción asexual, más fácil de inducir in vitro en el laboratorio y que componen en su conjunto el soma, cuerpo o micelio del moho.
El micelio es teñido con el colorante ácido azul de lactofenol, idóneo para las tinciones de hongos filamentosos, ya que el fenol destruye la posible flora contaminante y el ácido láctico protege la estructura de la pared fúngica.
La identificación final del hongo en cuestión se realiza en base a la observación de los aspectos macroscópicos y microscópicos junto con la consulta de claves taxonómicas.