El diagnóstico de la colitis idiopática crónica (considerada una forma local de la Enfermedad intestinal inflamatoria) se realiza por exclusión, como en el presente caso en que el análisis fecal negativo, el tratamiento con diversos antiparasitarios y antibióticos, la normalidad hematológica y bioquímica, y el ensayo hipoalergénico negativo, nos inducen a pensar en esta enfermedad. La exploración colonoscópica unida a la toma de biopsias es la que nos lleva al diagnóstico definitivo de este proceso.
Resaltar que es uno de los procesos que con mayor frecuencia vemos en la práctica clínica, dentro de la patología endoscópica.