La colitis idiopática crónica es un proceso que se caracteriza por la infiltración difusa de la mucosa del colon, y a veces la submucosa, con células inflamatorias de diversa naturaleza (linfocitos, células plasmáticas, neutrófilos, eosinófilos…). En función del tipo celular predominante hablamos de una colitis eosinofílica, neutrofílica, etc. La más frecuente es la que presenta una naturaleza mixta linfoplasmocitaria. Por ello su diagnóstico requiere realizar una biopsia.
Se considera idiopática pero se cree que intervienen causas de tipo genético, dietético, bacteriano o inmunológico. Los factores que alteren la permeabilidad de la mucosa unido a un estímulo antigénico (comida, bacterias…) se piensa que pueden desencadenar la enfermedad. De ahí el uso en el tratamiento de dietas hipoalergénicas.