Empleamos una terapia a base de compuestos 5-ASA, derivados de la mesalazina, que presentan un efecto antiinflamatorio local en el colon, inhibiendo leucotrienos y prostaglandinas a nivel de la mucosa. Se consideran de primera elección para las colitis en el caso del perro, aunque en los gatos se metabolizan más lento y deben ser usados con precaución (en gatos mejor usar corticoides). La sulfasalazina puede producir queratoconjuntivitis seca. Otros derivados como la olsalazina y la mesalamina producen menos efectos secundarios al no tener el grupo sulfa.
Se utilizan a dosis altas que deben mantenerse por lo menos varias semanas (3-4), para luego ir disminuyendo lo más progresivamente posible.
Junto a ello utilizaremos una dieta hipoalergénica que viene justificada por sospecharse una base inmune en la patogenia de esta enfermedad, bien comercial o casera, de las del tipo descritas en el ensayo hipoalergénico. Se ha de mantener un largo plazo. Si conseguimos mantener al animal sin signos clínicos una vez retirada la medicación, puede probarse a retirar también la dieta. Actualmente tienen gran aceptación las que utilizan proteínas hidrolizadas.
El pronóstico es reservado, pues aunque suelen responder al tratamiento, son posibles las recidivas.