Servicio de Biología Molecular - Instalaciones y Equipamiento

• Edificio CAID (Campus de Espinardo)

• Edificio LAIB (Campus de Ciencias de la Salud)

Edificio CAID (Campus de Espinardo)

• 1. Equipos de secuenciación masiva o Next Generation Sequencing (NGS) (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)
• 2. Sistema para secuenciación a partir de célula única (single cell sequencing) (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)
• 3. Analizadores automáticos de secuencias y fragmentos de ADN (adquiridos con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009 y fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UNMU-05-23-013)
• 4. Equipos de PCR a tiempo real.
• 5. Plataformas integradas para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (adquiridas con fondos FEDER 2008, Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN, UNMU-08-2E-014)
• 6. Sistema bioanalizador (adquirido con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UNMU-05-23-013)
• 7. Equipo integrado de proteómica y metabolómica (adquirido con fondos FEDER 2004, Equipamiento para servicios científico-técnicos para el campus de Ciencias de la Salud y fondos FEDER 2019, Sistema nanocapilar para espectrometría de masas, EQC2019-005999-P)
• 8. Espectropolarímetro para medidas de absorbancia, dicroísmo circular (DC) y fluorescencia (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)
• 9. Microcalorímetros (adquiridos con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009 y fondos FEDER 2019, Plataforma de microcalorimetría de alta resolución y sensibilidad, EQC2019-006227-P)
• 10. Sistema de microdisección por láser (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)
• 11. Equipo de difracción de rayos X de ángulo pequeño y grande (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)
• 12. Analizador de tamaño de partículas mediante dispersión láser (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)
• 13. Ultracentrífuga preparativa (adquirida con fondos FEDER 2008, Ultracentrífuga preparativa para la separación de biopolímeros y orgánulos subcelulares, UNMU-08-2E-013)
• 14. Ultracentrífuga analítica (adquirida con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de proteínas, UNMU-05-23-014)
• 15. Fluorímetro de alta sensibilidad (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)
• 16. Ultrasonicador (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)
• 17. Software para el análisis complejo de datos generados por secuenciación masiva (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)
• 18. Robot configurado para la preparación de PCR y purificación de ADN (adquirido con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UNMU-05-23-013)
• 19. Espectrofotómetro de infrarrojo para la cuantificación de proteínas/lípidos (Direct Detect Spectrometer de Merck Millipore).
• Espectrofotómetro NanoDrop ND-2000 ( )().
• Equipos de apoyo: cuatro termocicladores (), cuatro cabinas de flujo laminar, campana de extracción de gases, dos centrífugas refrigeradas de placas y tubos y otra solo para tubos, refractómetro, baños refrigerados, pHmetro, autoclave, balanza de precisión, estufa de secado, frigoríficos y congeladores, ultracongelador, baño de ultrasonidos, concentrador centrífugo a vacío y sistema de electroforesis para geles de agarosa con transiluminador. Una de las centrífugas refrigeradas de placas y tubos y uno de los termocicladores han sido adquiridos con fondos FEDER ().

Los instrumentos están a disposición de cuantos investigadores los demanden. En caso contrario, se indica la fecha probable de su puesta en marcha para usuarios.

1. Equipos de secuenciación masiva o Next Generation Sequencing (NGS) (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)

En la actualidad, el Servicio dispone de dos equipos de NGS de 2ª generación.

Descripción: un secuenciador masivo con capacidad de producción de 360 Gb totales por ensayo, modelo NextSeq2000 de Illumina ().

Aplicaciones:

● Secuenciación de genoma completo. Así, como referencia, el procesamiento en multiplex de 80 genomas distintos de 100 Mb cada uno arroja una cobertura media por genoma de 30x.

● Secuenciación de exoma completo.

● RNA-Seq. Por ejemplo, en experimentos de transcriptoma codificante es posible secuenciar 48 muestras juntas con una profundidad de 25 millones de lecturas/muestra.

● RNA-Seq en experimentos célula única (single cell sequencing) con una capacidad de secuenciación de 20.000 lecturas/célula para 4.000 células.

● Metagenómica tipo Shotgun.

● Secuenciación de mi-ARN.

Descripción: un secuenciador masivo de tamaño intermedio con capacidad de producción de 15 Gb totales por ensayo, modelo MiSeq System de Illumina ().

Aplicaciones: permite la secuenciación de pequeños genomas de virus, bacterias y hongos, secuenciación dirigida a regiones concretas de genomas de gran tamaño y RNA-seq, metagenómica, secuenciación de amplicones, de plásmidos y, en general, el resto de aplicaciones genéricas de NGS referidas a zonas concretas o a paneles de genes custom o comerciales.

2. Sistema para secuenciación a partir de célula única (single cell sequencing) (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)

Descripción:  Chromium controller de 10x Genomics ().

Aplicaciones: sistema microfluídico robusto y automatizado de selección y preparación de células mediante su encapsulamiento en microgotas (droplet-based system), para su posterior análisis genómico (DNA-Seq), transcriptómico (RNA-Seq) y de antígenos de la superficie celular. La combinación de la microfluídica con el procedimiento droplet based asegura una alta eficiencia de captura de las células junto con una alta producción y rendimiento (en términos de número células procesadas y analizadas en cada flujo de trabajo).

Las tres principales aplicaciones del sistema son:

• Chromium Single Cell Gene Expression (transcriptómica).
• Chromium Single Cell Immune Profiling (antígenos de superficie celular).
• Chromium Single Cell ATAC (estudio de las regiones abiertas de la cromatina).

Posteriormente, los softwares de análisis vinculados al instrumento permiten realizar un estudio de identificación extremadamente preciso (trazabilidad a nivel unicelular) de situaciones de especial relevancia biológica, que no son detectables en ensayos más genéricos (por ejemplo, a partir de tejido u órgano completo) debido al ocultamiento que se produce tras el cálculo de valores medios, por ejemplo, de expresión génica en poblaciones celulares complejas.

Dichos softwares de análisis (Cell Ranger y Loupe Cell Browser) son gratuitos y se puede descargar de la página web de 10x genomics:

https://www.10xgenomics.com/products/loupe-browser

https://www.10xgenomics.com/products/cloud-analysis

3. Analizadores automáticos de secuencias y fragmentos de ADN (adquiridos con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009 y fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UNMU-05-23-013)

Descripción: Un analizador de 8 capilares modelo 3500 Genetic Analyzer (), uno de 4 capilares modelo ABI Prism 3130 () (Fondos FEDER 2005 ), y dos de capilar único del tipo ABI Prism 310 (Fondos FEDER 2000 ), todos de Applied Biosystems .

Programas de análisis disponibles :

• GeneMapper v 5.
• SeqScape v 3.
• Variant Reporter v 2.
• Minor Variant Finder v 1.1.

Para la secuenciación de ADN , las condiciones que han de cumplir el ADN molde a secuenciar y los cebadores están detalladas en nuestra hoja de registro-Sanger . El servicio dispone de cebadores universales (listado de cebadores).

También disponemos de una hoja de registro-STR  para autentificación de líneas celulares humanas mediante el análisis de microsatélites, según las recomendaciones del American National Standards Institute (ANSI) recogidas en su documento “Authentication of human cell lines: Standardization of STR profiling” (ANSI/ATCC ASN-0002-2011); y para la identificación molecular de especies en cultivos celulares mediante DNA Barcoding ( hoja de registro-DNABarcodes) .

Para los análisis de fragmentos de ADN, nuestros 3500 Genetic Analyzer y ABI Prism 3130 permiten actualmente trabajar con las combinaciones de fluoróforos que se indican en el siguiente esquema:

Se podría calibrar el equipo para otras combinaciones si los usuarios así lo requiriesen.

En el caso de los análisis de fragmentos, se recomienda el siguiente esquema de partida en la preparación de las muestras:

• 1 µl del producto de PCR con los fragmentos amplificados y marcados.
• 0,3 µl del estándar de tamaño correspondiente.
• 15 µl de formamida

Puede ser necesaria la optimización de este esquema. Por favor contacten con el personal del servicio, para obtener información adicional y recomendaciones más detalladas sobre los análisis de fragmentos de ADN.

Aplicaciones: secuenciación de ADN, detección de mutaciones, autentificación de líneas celulares, identificación rápida de los productos de edición genómica procedentes del sistema CRISPR/Cas9, genotipado basado en el estudio de microsatélites (microsatellite genotyping) o en la identificación de mutaciones puntuales (single nucleotide polymorphism genotyping), análisis del polimorfismo de fragmentos amplificados de restricción (AFLP), etc.

4. Equipos de PCR a tiempo real.

Descripción: 2 equipos QuantStudioTM 5 Flex ( ), diseñados para trabajar en placa de 96 pocillos.

En el servicio se dispone de SYBR Green, y del material y espacio necesarios para que los usuarios lleven a cabo los distintos pasos de los ensayos de PCR a tiempo real.

Programas disponibles para usuarios:

• QuantStudio_Design_And_Analysis: para recogida y análisis de datos en QuantStudioTM 5 Flex.
• 7500 Software v 2.0.6 : para recogida y análisis de datos en 7500.
• Primer Express v 3.0: para diseño de sondas TaqMan y cebadores.
• High Resolution Melting Software v 2.0.1.

Aplicaciones:

• Cuantificación de ácidos nucleicos.
• Estudio de la expresión de los genes.
• Discriminación alélica o detección de variantes genéticas que afecten a un único nucleótido (single nucleotide polymorphism, SNP).
• Establecimiento de la presencia o ausencia de secuencias de ácidos nucleicos específicas y de particular interés (Plus/Minus Assays).
• High Resolution Melting Analysis.

5. Plataformas Integradas para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (adquiridas con fondos FEDER 2008, Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN, UNMU-08-2E-014)

Descripción: dos plataformas integradas, GeneChip Instrument System con Autoloader  y GeneAtlas Microarray System de Affymetrix.

GeneChip Instrument System con Autoloader trabaja con arrays de cartucho (GeneChip Arrays) fabricados mediante fotolitografía y, junto con el software Affymetrix GeneChip Command Console (AGCC), incluye los siguientes componentes: Escáner GeneChip 30007G, Horno de hibridación mod.645, Estación de fluidos mod.450 y Autocargador de arrays.

GeneAtlas Microarray System procesa tiras de arrays (Arrays Strips) para estudios de expresión. Cada tira consta de 4 arrays fabricados mediante fotolitografía y, además del software GeneAtlas Instrument Control, la plataforma incluye 3 módulos: estaciones de hibridación, fluidos e imagen.

Aplicaciones puestas a punto : análisis de expresión de genes.

En la plataforma GeneChip Instrument System con Autoloader se pueden llevar a cabo análisis de expresión a nivel de genes, de exones, investigación de procesos de splicing y análisis de microARN. Actualmente  se ofertan 40 arrays, que incluyen los genomas de 29 organismos modelo en diferentes versiones (3´ivt, gene o exon array), y sondas  originales de 153 organismos distintos por array en el caso de microARN.

En la plataforma GeneAtlas Microarray System se pueden realizar estudios de expresión de genes. Se procesan simultáneamente 4 arrays de un mismo organismo modelo; y en el formato requerido por la plataforma (Arrays Strips) se encuentran actualmente disponibles los genomas de 23 organismos distintos, algunos de ellos simultáneamente en versión 3´ivt y whole-transcript.

El procedimiento a seguir para realizar los análisis de expresión génica en cualquiera de las plataformas, así como los requerimientos del material genético de partida, se encuentran especificados en la guía del usuario. Las muestras deben ir acompañadas de la hoja de registro  cumplimentada.

Otras aplicaciones que potencialmente se podrían ofertar:

-Genotipado de SNPs (single nucleotide polymorphisms); variaciones en el número de copias (CNV) y pérdida de heterocigosidad (LOH).
-Análisis de citogenética.
-Estudios de asociación a nivel de genomas completos (WGAS).
-Análisis de re-secuenciación.
-Estudios de interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos a nivel de todo el transcriptoma, Chip-on-Chip y a nivel de promotores.
-Estudios de metilación.
-Estudios de absorción y metabolización de drogas.

6. Sistema bioanalizador (adquirido con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UMU-05-23-013)

Descripción: sistema electroforético capilar 2100 Bioanalyzer de Agilent Technologies() .

Aplicaciones: permite determinar la cantidad, calidad y tamaño de ADN, ARN y proteínas. Combina la rapidez en la separación electroforética y en el análisis de los datos, con una reproducibilidad, resolución y sensibilidad muy elevadas.

En el servicio se dispone de los siguientes chips comerciales:

* Para ADN y ARN, es suficiente con 1 µl por análisis de las concentraciones indicadas. En el caso de las proteínas, son necesarios 4 µl por análisis.

7. Equipo integrado de proteómica y metabolómica (aquirido con fondos FEDER 2004, Equipamiento para servicios científico-técnicos para el campus de Ciencias de la Salud y fondos FEDER 2019, Sistema nanocapilar para espectrometría de masas EQC2019-005999-P)

Descripción: el equipo incluye los siguientes componentes:

• Incubador para digestiones trípticas modelo Cool Block ALB 6400 de Fine PCR Co. Permite trabajar en el rango de temperaturas de 5 – 95 ºC.
• Sistema para electroforesis uni y bidimensional de BioRad Laboratories que consta de Protean IEF Cell (para isoelectroenfoque en tiras de 7, 11 o 17 cm), Mini Protean Tetra Cell (cubeta para 1-4 geles de unos 8,6 x 6,8 cm), Criterion Cell (cubeta para 2 geles de 13.3 x 8.7 cm) y Protean II XL Multi Cell (cubeta para 1-6 geles de aproximadamente 16 x 16 cm o 18,3 x 19,3 cm), así como equipo de transferencia de biomoléculas a membranas Trans-Blot SD Semi-Dry Transfer Cell ( ).
• Cromatógrafo líquido de alta resolución (HPLC) modelo 1200 Series de Agilent Technologies, con sistema de bombeo cuaternario, inyector automático termostatizado, compartimento termostatizado para las columnas de separación y detector múltiple de absorbancia tipo DAD ( ).
• Cromatógrafo líquido HPLC modelo 1100 Series de Agilent Technologies, con accesorio para cromatografía capilar, inyector automático termostatizado, detector de absorbancia tipo MWD y compartimento termostatizado para las columnas ( ).
• Sistema HPLC-MS compuesto por: HPLC Agilent 1290 Infinity II y un espectrómetro de masas híbrido tipo Agilent Q-TOF 6550, con fuente de ionización JetStream electrospray + i-Funnel. Combina la precisión, sensibilidad y resolución de los sistemas TOF con la posibilidad de aislamiento y fragmentación de compuestos gracias al cuadrupolo inicial ( ).
• Sistema nanocapilar para espectrometría de masas ().
• Estación de trabajo y análisis HP Z440, con software Spectrum Mill revB.06.00.201 de Agilent Technologies, para la búsqueda e identificación de proteínas a partir de los espectros de masas de los digeridos trípticos.

Aplicaciones: identificación y análisis de pequeñas moléculas (metabolitos o compuestos de diferente naturaleza), así como grandes biomoléculas como péptidos o incluso proteínas intactas a partir de mezclas complejas o proteomas. Están disponibles los siguientes análisis:

• Separación y análisis HPLC/ESI-MS. Las muestras complejas se pueden analizar con mayor facilidad acoplando la separación en alguna de las columnas disponibles de HPLC con la ionización tipo ESI, previamente a su introducción en el espectrómetro de masas.
• Inyección directa ESI-MS. Se puede realizar un análisis rápido de muestras para su identificación por inyección directa sobre el espectrómetro de masas acoplado a la fuente ESI.
• Identificación de proteínas mediante el análisis de los fragmentos digeridos por HPLC/ESI-Q-TOF. La muestra -que contiene una proteína desconocida- se somete a digestión tríptica y se separa por HPLC, para posteriormente analizarla en el Q-TOF mediante el acoplamiento con la fuente ESI. Los espectros de masas MS y MS/MS sirven para identificar las proteínas presentes mediante su comparación con bases de datos.
• Determinación de la masa molecular de proteínas y grandes biomoléculas mediante HPLC acoplada a espectrometría de masas. El procedimiento se basa en la separación previa de la muestra en una columna de HPLC específica para biomoléculas de gran tamaño; el acoplamiento de dicha columna a un espectrómetro de masas tipo ESI-Q-TOF permite finalmente el cálculo preciso de la masa molecular por deconvolución matemática de los datos obtenidos.

8. Espectropolarímetro para medidas de absorbancia, dicroísmo circular (DC) y fluorescencia (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)

Descripción: Espectrómetro p*-180 de Applied Photophysics, acoplado a una unidad de cinética en estado de transición (Stopped-flow kinetic sample handling unit) o a una unidad para medidas en equilibrio (Equilibrium sample handling unit). Dispone de un accesorio para el control exacto de la temperatura (Peltier Temperature Controller).

Cubetas de cuarzo de que se disponen:

• De 10 mm de paso de luz (Hellma 110 QS), para absorbancia y verificada para DC.
• De 1 mm de paso de luz (Hellma 110 QS), verificada para DC.
• De 10×10 mm (Hellma 111 QS) para fluorescencia.
• Ultra-Micro de 10 x 2 mm de paso de luz (Hellma 105.250-QS), para medir fluorescencia con pequeños volúmenes de muestra (mínimo volumen requerido 125 µl).
• En la unidad de stopped-flow el paso de luz de la cubeta es ajustable a 10 o 2 mm según precisen las distintas aplicaciones.

Las emisiones de fluorescencia se pueden medir mediante un monocromador acoplado al instrumento (SK.2E Scanning Emission Monochromator de Applied Photophysics), o recurriendo al empleo de filtros (high-pass or cut-off filters); actualmente se dispone de los filtros de 302, 320, 475, 530 y 590 nm.

Aplicaciones: en el caso de macromoléculas como proteínas y ácidos nucleicos, estudios conformacionales, de desnaturalización-renaturalización y de unión de ligandos. Análisis de la estructura secundaria y terciaria de las proteínas, ensayos enzimáticos en estado de transición o estacionario, etc.

9. Microcalorímetros (adquiridos con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009 y fondos FEDER 2019, Plataforma de microcalorimetría de alta resolución y sensibilidad, EQC2019-006227-P)

Descripción:

• Microcalorímetro VP-ITC, MicroCal (). Con un volumen de celda de 1.5 ml y una jeringa de inyección de hasta 300 microlitros. Fondos FEDER 2000
• Microcalorímetro VP-DSC, MicroCal (). Con un volumen de celda de medida y de referencia de 0.5 ml, permite realizar barridos de temperatura en el rango comprendido ente –30 y 130 ºC. Fondos FEDER 2000
• Microcalorímetro PEAQ-ITC, MicoCal (). Con un volumen de celda de 200 microlitros y una jeringa de inyección de hasta 40 microlitros. Nueva adquisición Fondos FEDER 2019
• Microcalorímetro PEAQ-DSC, MicroCal (). Con un volumen de celda de medida y referencia de 130 microlitros, permite realizar barridos de temperatura en el rango comprendido entre 2 y 130 ºC. Nueva adquisición Fondos FEDER 2019

Aplicaciones:

La calorimetría isotérmica de titulación (ITC) sirve para analizar la termodinámica de la unión entre dos moléculas en disolución (o más específicamente entre una macromolécula y su ligando). De hecho, es la única técnica que permite el cálculo de la constante de afinidad (K_a), de la variación de entalpía (ΔH) y del número de sitios de unión (n) directamente en un único experimento; la variación de energía libre (ΔG) y de entropía (ΔS) pueden entonces calcularse a partir de los datos experimentales. El resultado es la completa caracterización termodinámica de la unión. No es necesario marcar las moléculas que participan en la unión, pero la técnica requiere un alto grado de pureza de las mismas.

Mediante la calorimetría diferencial de barrido de alta sensibilidad (DSC) es posible detectar la presencia de una transición entre fases o estados diferentes de una muestra. Por ejemplo, permite determinar la temperatura de desnaturalización térmica de una proteína, la temperatura de transición entre distintas fases en mezclas lipídicas o la temperatura de desdoblamiento de la doble cadena de ADN. Además de establecer estas temperaturas, calcula la entalpía asociada al proceso.

10. Sistema de microdisección por láser (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)

Descripción: Leica AS LMD, Laser Microdissection System. Equipo integrado que consta de un láser ultravioleta y un microscopio (objetivos de 4X, 10X, 40X, 63X y 100X). El sistema tiene instalados los accesorios que permiten trabajar con muestras fluorescentes.

Aplicaciones: aislamiento preciso y libre de contaminación de áreas o estructuras de interés a partir de preparaciones de tejidos o células. El aislamiento se realiza de acuerdo a criterios morfológicos.

11. Equipo de difracción de rayos X de ángulo pequeño y grande (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)

Descripción :

• Generador de rayos X del tipo PW 3830 de Philips.
• Cámara de difracción tipo Kratky, modelo HMB-GRAZ de HECUS X-RAY SYSTEMS GMBH, con compartimento termostatizado para muestras (de 5 a 60 ºC).
• Detectores de ángulo pequeño (small angle) y ángulo grande (wide angle), para s=0,0075-0,07 y 0,20-0,29 Å^-1, respectivamente (s = 2 senϑ/λ, siendo 2ϑ el ángulo de difracción y λ=1,54 Å).

Aplicaciones: determinación de la estructura y fase de mezclas lipídicas. Comparando los picos de refracción de Bragg con los valores teóricos se puede estimar la organización en que se encuentra la mezcla lípidica, así como el grosor de la misma. Determinación de la forma y tamaño global de proteínas. Los espectros de difracción se analizan mediante diferentes programas informáticos de simulación, que permiten estimar parámetros de la forma y tamaño global de la proteína como el radio de giro y el tamaño máximo de partícula.

12. Analizador de tamaño de partículas mediante dispersión por láser (adquirido con fondos FEDER 2000, Laboratorio integrado de Biología Molecular, UNMU-00-23-009)

Descripción: Espectrómetro AutoSizer 4800, Malvern Instruments.

Aplicaciones: actualmente, sólo está puesto a punto el protocolo que permite medir el tamaño de partícula.

Fecha de puesta en marcha para usuarios del resto de las aplicaciones (determinación de masa moleculares y radios de giro): sin determinar.

13. Ultracentrífuga preparativa (adquirida con fondos FEDER 2008, Ultracentrífuga preparativa para la separación de biopolímeros y orgánulos subcelulares, UNMU-08-2E-013)

Descripción: modelo Optima L-100 XP de Beckman Coulter .

Rotores disponibles: de ángulo fijo, 100 Ti (   )  y 70 Ti (   ); y basculante, SW 41 Ti (   ) .

Aplicaciones: separación de biopolímeros y orgánulos subcelulares.

14. Ultracentrífuga analítica (adquirida con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de proteínas, UNMU-05-23-014)

Descripción: modelo ProteomeLabTM XL-I de Beckman Coulter, con sistemas ópticos incorporados para medidas de absorbancia e interferencia.

Aplicaciones: experimentos de velocidad y equilibrio de sedimentación, para la determinación de parámetros moleculares y para juzgar el grado de pureza de proteínas y otras macromoléculas en disolución. Es posible el cálculo de coeficientes de sedimentación, masas moleculares, densidades de flotación y coeficientes de difusión. Muy útil en estudios de asociación de macromoléculas y en la detección de los cambios conformacionales que repercutan en las propiedades hidrodinámicas de una molécula.

A disposición de usuarios expertos en la técnica.

15. Fluorímetro de alta sensibilidad (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)

Descripción:  Qubit 4.0 de Invitrogen ().

Se trata de un fluorímetro de alta sensibilidad para medir, con gran precisión y celeridad, la concentración de ADN, proteínas y, en el caso del ARN -además de la cantidad- también puede establecer la integridad y calidad del mismo.

Las características y especificaciones más reseñables del instrumento se detallan a continuación:

• Su sensibilidad y precisión en las medidas de ácidos nucleicos son mucho mayores que las proporcionadas por los espectrofotómetros de absorbancia. En concreto, arroja resultados más precisos que los obtenidos con la espectrofotometría ultravioleta a bajas concentraciones de muestra.
• Se trata de medidas altamente selectivas, que son capaces de distinguir y cuantificar únicamente el tipo concreto de ácido nucleico de interés frente a otros tipos presentes en la muestra (por ejemplo, ADN de doble hebra frente a ARN o viceversa según el caso).
• Los altos niveles de precisión y selectividad en las medidas de ácidos nucleicos se mantienen con bajos volúmenes de muestra (1-20 µl), incluso en muestras muy diluidas.

Aplicaciones: Actualmente disponemos de los siguientes kits de medida:

* El rango de concentración está referido a la concentración de la muestra después de su dilución en el tubo de ensayo.

En función de la demanda, se irán adquiriendo otros kits dirigidos a otros targets: ssDNA, microRNA, proteínas y para las medidas de integridad y calidad del ARN.

16. Ultrasonicador (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)

Descripción: Bioruptor Pico, Diagenode ()

Se trata de un sistema automatizado de ultrasonicación mediante ondas de cavitación, que permite el procesamiento uniforme de varias muestras simultáneamente

Para garantizar la distribución homogénea de la energía en las muestras, el equipo las mantiene en rotación durante el proceso de sonicación. Además, cuenta con un baño de recirculación de agua, que permite un adecuado control de la temperatura de las muestras biológicas a lo largo de todo el procesamiento.

Equipo muy versátil en cuanto a los volúmenes de muestra con los que trabaja, permitiendo el tratamiento de las muestras en tubos de 0,1, 0,2, 0,65, 1,5 y 15 ml y pudiendo procesar hasta 12-16 tubos simultáneamente cuando se trabaja con volúmenes pequeños (entre 0,1 y 0,2 ml). Flexible y preciso en la programación de los distintos protocolos


Aplicaciones: fraccionamiento de ADN y ARN: para la preparación de bibliotecas para NGS (DNA-Seq y RNA-Seq); fraccionamiento de ADN para estudios de metilación; fraccionamiento de la cromatina; purificación de ADN; extracción de ácidos nucleicos a partir de tejidos embebidos en parafina; lisis celular; disrupción tisular; dispersión de lípidos; solubilización de proteínas; disolución de compuestos; emulsiones; extracción de proteínas para espectrometría de masas; estudios de agregación de proteínas.

17. Software para el análisis complejo de datos generados por secuenciación masiva (adquirido con fondos FEDER 2018, Plataforma de Genómica para la secuenciación de célula única y masiva, EQC2018-005144-P)

Descripción:   licencia flotante (network license) del software de análisis QIAGEN CLC Genomics Workbench ().

Aplicaciones: análisis de NGS (hasta genoma completo); identificación de variantes (variant calling); análisis de variaciones estructurales (structural variation analysis); análisis de número de copias (CNV analysis); análisis transcriptómico (RNA-Seq); análisis de microarrays y de Small RNA; secuenciación de novo; análisis de epigenómica (epigenomics ChIP Seq analysis, histone ChIP-Seq plugintranscriptome de novo assembly); secuenciación dirigida (targeted resequencing analysis); análisis de metilación del ADN; análisis de proteínas: visualización de moléculas en 3D, protein structure alignment, carga, antigenicidad, hidrofobicidad, predicción de estructura secundaria, predicción de ruptura proteolítica.

18. Robot configurado para la preparación de PCR y purificación de ADN (adquirido con fondos FEDER 2005, Instrumentación biotecnológica de genes, UNMU-05-23-013)

Descripción: modelo MICROLAB STAR de Hamilton. Dispone de 8 canales de pipeteo independientes, y de los siguientes accesorios completamente integrados: estación de lavado activo de puntas, unidad de vacío y lector de absorbancia para placas de 96 o 348 pocillos.

Aplicaciones: manipulación y pipeteo automáticos de líquidos, que lo convierten en una herramienta muy valiosa en la ejecución de distintos métodos de biología molecular, bioquímica e incluso diagnóstico clínico. En particular, se ha configurado para facilitar el trabajo rutinario de preparación de las muestras de ADN para secuenciación; esto es, la PCR y la purificación del ADN previas a colocar las muestras en los analizadores genéticos.

19. Espectrofotómetro de infrarrojo para la cuantificación de proteínas/lípidos

Descripción : Direct Detect Spectrometer de Merck Millipore ().

Se trata de un espectrofotómetro de infrarrojo diseñado para la detección y análisis de diferentes tipos de biomoléculas, y especialmente adecuado para la cuantificación de proteínas y lípidos o detergentes.

Las principales características y especificaciones del equipo son:

• La muestra se coloca sobre una tarjeta con una membrana hidrofílica de PTFE que resulta transparente para la mayor parte del espectro de infrarrojo. La tarjeta dispone de 4 posiciones para muestras, aunque para la primera medida es necesario usar una posición con el tampón o medio de referencia. Las tarjetas son de un solo uso.
• El equipo es capaz de medir los enlaces amida en las cadenas de proteínas (e incluso de cierto tipo de péptidos) y cuantificar de forma precisa la concentración de cualquier proteína independientemente de su secuencia o composición de aminoácidos y sin la necesidad de utilizar sondas o colorantes.
• El equipo mide de forma precisa concentraciones de proteína en el rango de 0.1 - 5.0 mg/ml a partir de un volumen reducido de muestra (2 ul) directamente sin necesidad de tinción. El tiempo de análisis es rápido (unos pocos minutos) y en muchas ocasiones se puede medir directamente sobre un medio tamponado habitual. Existe una tabla con los medios compatibles para la medición en el equipo.
• Para la cuantificación de lípidos y detergentes es preciso una curva estándar con patrón específico proporcionado por el usuario. No obstante, es posible analizar mezclas desconocidas mediante la determinación de la intensidad de absorbancia de infrarrojo relativa entre diferentes picos.

Edificio LAIB (Campus de Ciencias de la Salud)

• Equipos de PCR a tiempo real. 
• Espectrofotómetro NanoDrop ND-1000 ( ).
• Equipos de apoyo: una cabina de flujo laminar, centrífuga refrigerada para placas de 96 pocillos , frigorífico, agitador tipo vórtex y minicentrífuga para pulsos.

1. Equipos de PCR a tiempo real (adquiridos con fondos FEDER 2005 y 2008)

Descripción: 7500 Real Time PCR System () de Applied Biosystems (adquirido con fondos FEDER 2005, Equipamiento para servicios científico-técnicos para el Campus de Ciencias de la Salud) y 7500 Fast Real Time PCR System de Applied Biosystems ( ) (adquirido con fondos FEDER 2008, Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN, UNMU-08-2E-014) . Se trata de dos equipos diseñados para trabajar en placa de 96 pocillos.

En el servicio se dispone de SYBR Green, y del material y espacio necesarios para que los usuarios lleven a cabo los distintos pasos de los ensayos de PCR a tiempo real.

Programas disponibles para los usuarios:

• 7500 Software v 2.0.6 : para recogida y análisis de datos.
• Primer Express v 3.0 : para diseño de sondas TaqMan y cebadores.
• High Resolution Melting Software v 2.0.1

Aplicaciones:

• Cuantificación de ácidos nucleicos.
• Estudio de la expresión de los genes.
• Discriminación alélica o deteccin de variantes genéticas que afecten a un único nucleótido (single nucleotide polymorphism, SNP).
• Establecimiento de la presencia o ausencia de secuencias de ácidos nucleicos específicas y de particular interés (Plus/Minus Assays).
• High Resolution Melting Analysis (HRM; )